Universitas Alkhairaat Palu merupakan perguruan tinggi tertua di Provinsi Sulawesi Tengah. Universitas ini didirikan oleh al-Habib ‘Idrus bin Salim al-Jufri pada 1964. Di usianya yang lebih dari separuh abad, Universitas Alkhairaat atau Unisa Palu ikut berkontribusi nyata dalam menciptakan sumber daya manusia di Sulawesi Tengah dan Indonesia melalui pembangunan kecerdasan kesejahteraan masyarakat.
Di dalam perjalanan sejarahnya, Unisa Palu sempat mengalami sejumlah perubahan akibat dari peraturan pemerintah. Salah satu perubahan tersebut adalah peralihan nama perguruan tinggi ini pada 1970 menjadi Sekilah Tinggi Ilmu Syari’ah Alkhairaat (STISA).
Tampuk kepemimpinan STISA dialihkan kepada al-Habib Saggaf bin Muhammad al-Jufri, M.A. ketika beliau kembali dari perjalanan menuntu ilmu di Negeri Piramida, Mesir.
STISA tidak dapat dilepaskan dari keberadaan Jurusan al-Qadha fil Islam (Peradilan Agama). Nama jurusan ini kemudian berubah berdasarkan Keputusan Menteri Agama RI Nomor 120 Tahun 1991. Pada saat ini, STISA kembali menjadi universitas dengan lima fakultas, salah satunya adalah Fakultas Syariah dengan Jurusan Peradilan Agama.
Pada 1995, Fakultas Syariah berganti nama menjadi Fakultas Agama Islam. Saat ini, Fakultas Agama Islam Universitas Alkhairaat telah berkembang dan memiliki empat Program Studi (Prodi), antara lain Prodi Pendidikan Agama Islam, Prodi Ahwalus Syakhshiyyah, Prodi Pendidikan Bahasa Arab, dan Prodi Ekonomi Syariah.