Fakultas Agama Islam Universitas Alkhairaat Palu didirikan pada tahun 1964, mengemban amanah pendidikan untuk menyebarkan pengetahuan agama Islam kepada mahasiswa dan masyarakat luas. Ini mencakup pemahaman tentang ajaran Islam, nilai-nilai, dan praktek keagamaan.
Perkembangan Fakultas Agama Islam bermula dari sejarah panjang pemikiran tokoh utama pendiri Alkhairaat H.S. Idrus bin Salim Aljufri yang ingin menegakkan pilar peradaban Islam di Nusantara, khususnya di kawasan Timur Indonesia melalui lembaga pendidikan dan dakwah. Karena merasa telah menata operasional lembaga pendidikan yang berdiri dari tingkat Madrasah Ibtidaiyah sampai Madrasah Aliyah, maka melalui Muktamar Alkhairaat II di Ampana (1963) diberi amanah untuk mendirikan lembaga Pendidikan Tinggi, guna mengakomodir keinginan dan antusiasme Alumni Alkhairaat yang ingin melanjutkan pendidikan hingga tingkat universitas.
Dari hasil Muktamar ke II tersebut, Sayyid Idrus bin Salim Aljufri mengeluarkan Dekrit pembentukan Panitia Pendirian Universitas Islam Alkhairaat Nomor: 1/KU/PB/1963 yang berjumlah 7 (tujuh) orang, yaitu: S. Muhammad bin Idrus bin Salim Aljufri, Zainal Abidin Betalembah, H. Rustam Arsyad, Mahfudz Godal, M.S. Patimbang, Abas Palimuri dan M. Nawawian Abdullah. Tim inilah yang memperjuangkan terbitnya Rekomendasi Pemerintah tentang Pendirian Resmi Perguruan Tinggi Alkhairaat atas Instruksi Ketua Umum. Hasil perjuangan Guru Tua melalui tim ini, pada hari/tanggal Senin, 27 April 1964 Gubernur Kepala Daerah Sulawesi Tengah (Anwar Gelar Datok Majo Basa Nan Kuning) berkenan meresmikan Perguruan Tinggi Alkhairaat dan untuk pertama kalinya Guru Tua memberi nama Universitas Islam Alkhairaat yang disingkat (UNIS Alkhairaat). Ketika resmi berdiri, Universitas Islam Alkhairaat membina 3 (tiga) fakultas, yaitu:
- Fakultas Adab, Dekan: Mahfudz Godal.
- Fakultas Syariah, Dekan: H. Rustam Arsyad.
- Fakultas Tarbiyah, Dekan: Z. Abidin Betalembah.
Tahun 1967 terjadi perubahan kebijakan tentang Peraturan Pendidikan Nasional yang kemudian berdampak pada penyesuaian nama lembaga hingga berubah menjadi Perguruan Tinggi Islam Alkhairaat (PTIA). PTIA dipimpin oleh H.S. Saqqaf bin Muhammad bin Idrus bin Salim Aljufri, MA, selaku Rektor kedua setelah kembali dari studinya di Mesir.
Tahap selanjutnya, PTIA berganti nama menjadi “Sekolah Tinggi Ilmu Syariah” (STISYAR) dipimpin oleh Drs. M. Anas Ibrahim yang implementasi kurikulumnya sampai jenjang Sarjana Muda dengan gelar Bachelor of Arts (BA). Selanjutnya, tahun 1989 pada masa kepemimpinan Ir. Faisal Shahab selaku Rektor, Pemerintah Indonesia melalui Menteri Pendidikan dan Kebudayaan RI telah menerbitkan Surat Keputusan Nomor: 0842/0/1989 tanggal 16 Desember 1989 untuk memberikan Status TERDAFTAR pada Fakultas Perikanan, Fakultas Ekonomi dan Fakultas Sastra. Setelah itu menyusul Surat Keputusan Menteri Agama RI Nomor: 120 Tahun 1991 yang mengintegrasikan STISYAR ke dalam UNISA dan diberi kewenangan menyelenggarakan Program Sarjana (Strata Satu). Setelah terintegrasi ke dalam Universitas Alkhairaat, nama STISYAR melebur dan berubah menjadi Fakultas Syariah dengan membuka satu jurusan, yaitu Peradilan Agama. Tahun 1995 berdasarkan Surat Keputusan Menteri Agama RI Nomor 99 Tahun 1995, Fakultas Syariah berubah menjadi Fakultas Agama Islam (FAI). Ketika itu, semua perguruan tinggi swasta yang mempunyai beberapa bagian fakultas agama, harus berubah menjadi “Fakultas Agama Islam”. Sejak lahirnya kebijakan tentang Fakultas Agama Islam tahun 1995, fakultas ini telah mengembangkan dua jurusan, yaitu: Jurusan Syariah dengan Program Studi Peradilan Agama (PA) dan Jurusan Tarbiyah dengan Program Studi Pendidikan Agama Islam (PAI).
Dalam proses menjalankan fungsi dan perannya, Fakultas Agama Islam berupaya terus meningkatkan statusnya dari TERDAFTAR menjadi lebih baik (DIAKUI) dan (DISAMAKAN). Tahun 1999 diusulkan perubahan status. Tahun 2000 berdasarkan Surat Keputusan BAN-PT Nomor 36 Tahun 2000 berubah status menjadi TERAKREDITASI. Masih di tahun 2000, diusulkan pula untuk membuka Program Pendidikan Guru Sekolah Dasar Islam/Madrasah Ibtidaiyah (PGSDI/MI) dan Program Studi Pendidikan Guru Taman Kanak-Kanak Islam/Raudhatul Athfal (PGTKI/RA) untuk jenjang Diploma Dua (D-2) melalui Surat Keputusan KOPERTAIS Wilayah VIII Nomor: 13 Tahun 2001 dengan Status TERDAFTAR. Berdasarkan SK Kopertais tersebut, di tahun 2001 Fakultas Agama Islam mengembangkan 4 (empat) program studi. Namun seiring dengan perjalanan waktu, Program Studi PGSDI/MI dan Program Studi PGTKI/RA tidak berkembang sebagaimana yang diharapkan, baik dari aspek jenjang (D-2 menjadi S-1) atau menjadi program studi yang otonom. Namun demikian, saat ini Fakultas Agama Islam termasuk di antara 7 (tujuh) fakultas yang berada di lingkungan Universitas Alkhairaat Palu dengan mengembangkan 4 (empat) program studi, yaitu: Program Studi Ahwalus Syakhshiyah/Hukum Keluarga Islam, (HKI), Program Studi Pendidikan Agama Islam (PAI), Program Studi Ekonomi Syariah (ES) dan Program Studi Pendidikan Bahasa Arab (PBA).
Fakultas Agama Islam Universitas Alkhairaat Palu merupakan entitas akademik yang berkomitmen menyelenggarakan pendidikan, penelitian dan pengabdian kepada masyarakat. Sejak didirikan, fakultas ini telah menjadi pusat pembelajaran dan penelitian agama yang berperan penting mengembangkan pemahaman dan pengamalan Islam di masyarakat.